জলপাইগুড়িতে জন্মগ্রহন করেন খালেদা। তখন তার নাম ছিল খালেদা খানম। তাঁর ডাকনাম ছিল 'পুতুল'। 

খালেদা জিয়ার বাবা ইস্কান্দার মজুমদার ছিলেন ব্যবসায়ী। মা তায়েবা মজুমদার ছিলেন গৃহিণী। তিন বোন ও দুই ভাইয়ের মধ্যে দ্বিতীয় ছিলেন তিনি।

তিনি দিনাজপুর মিশনারি স্কুলে পড়াশোনা করেন। ১৯৪৫ সালে  জন্মগ্রহন করেছেন বলা হলেও তাঁর জন্ম তারিখ নিয়ে বিভ্রান্তি রয়েছে। পাঁচটি জন্ম তারিখ পাওয়া গেছে এ পযন্ত।

১৯৬০ সালে তৎকালীন পাকিস্তান সেনাবাহিনীর ক্যাপ্টেন জিয়াউর রহমানের সাথে তাঁর বিয়ে হয়।